Kinderen met het Prader-Willi syndroom vormen een kwetsbare groep wat betreft ademhalingsproblemen tijdens hun slaap. Bekend is dat zij soms even stoppen met ademhalen. Dit wordt een ‘apneu’ genoemd. Er wordt onderscheid gemaakt tussen centrale apneus en obstructieve apneus.
Een centrale apneu treedt op wanneer de hersenen niet het juiste signaal kunnen produceren om de ademhalingsspieren te reguleren. De ademhaling wordt vanuit de hersenen aangestuurd. Als in het bloed de concentratie zuurstof laag wordt, wordt in de hersenen een seintje afgegeven dat het ademhalingstempo omhoog moet. Het deel van de hersenen dat hier verantwoordelijk voor is, lijkt bij patiënten met het Prader-Willi syndroom niet gevoelig te reageren. De zuurstofconcentratie in het bloed kan bij hen verminderen, zonder dat het lichaam hierop reageert met een snellere ademhaling. Door onvoldoende aansturing vanuit de hersenen kan de ademhaling stokken.
Een obstructieve apneu treedt op wanneer de luchtweg door iets wordt geblokkeerd dat de ademhaling bemoeilijkt. In aanleg hebben kinderen met het Prader-Willi syndroom wat nauwere luchtwegen invergelijking met leeftijdsgenootjes. De zwakte van de ademhalingsspieren bij baby’s met het Prader-Willi syndroom leidt tot een minder krachtige ademhaling en problemen met ophoesten. Dit kan problemen met de ademhaling geven, voornamelijk tijdens verkoudheden. De wat oudere kinderen hebben vaak ook vergrote keel- en neusamandelen.